Родился И. Мушкетов в небогатой казачьей семье на Дону в 1850 году. Рано потеряв мать, он воспитывался у деда, который часто брал внука с собой в поездки по донским степям. Возможно, эти впечатления и породили пристрастие к путешествиям, изучению природы. После окончания в 1867 году Новочеркасской гимназии И.Мушкетова зачисляют стипендиатом Войска Донского и отправляют для продолжения образования в Петербург. Там он поступает в Горный институт. В июле 1873 года молодой горный инженер после годичной практики на рудниках Урала подает прошение о направлении его в Среднюю Азию.
В то время огромная территория Средней Азии была практически не изучена, особенно в геологическом отношении. Единственная специализированная геологическая экспедиция под руководством К. Ф. Бутенева, побывавшая в долине реки Зеравшан по приглашению змира Бухары Насрулло в 1841 году, собрала лишь самые поверхностные данные на небольшой территории - официальной целью ее был поиск месторождений золота для среднеазиатского владыки. Именно столь узкие задачи, проистекавшие из уровня развития экономики Бухарского ханства, сделали бессмысленными открытые здесь русскими геологами месторождения каменного угля.
В августе 1874 года И. Мушкетов вместе с профессором Горного института Г. Романовским отправляется в Самарканд, а на обратном пути обследует каменноугольные копи и месторождения угля в районе хребта Моголтау у Ходжента. В своей докладной записке по результатам экспедиции исследователи сообщили о возможности перспективных промышленных разработок каменного угля в долине Балалма в 30 верстах от Ходжента. В будущем это блестяще подтвердилось.
В 1877 году И. Мушкетову поручается обследование Ферганской области и Алайских гор. Эта экспедиция давала возможность ученому решить один из важных вопросов географии того времени ? являются ли Памир и Алай одной горной системой? Перевалив Алайский и Заалайский хребты, исследователь проник на территорию Памира, в долину реки Муксу, по которой он планировал пройти в глубь горной системы. Это ему не удалось и, вернувшись обратно, он через перевал Кызыларт прошел к самому крупному озеру Памира?Кара-кулю. "...Мы. расположились ночевать почти на голом песке, ? писал И. Мушкетов в своем дневнике. ? Все, эти горные долины буквально лишены какой бы то ни было растительности, не говоря уже о лесе, так что нам пришлось везти с собой топливо. Не было даже обыкновенной мелкой травы; камни, камни и снег, и при этом довольно сильный ветер...".
После обследования берегов озера Кара-куль экспедиция двинулась в обратный путь. Особенно трудным был участок пути по долине реки Северный Джиптык на Алайском хребте: "Мы, сойдя с лошадей, с трепетом около получаса спускались вниз., где страшно ревет и пенится река. Через нее перекинут мостик, основанием которого служат две небольшие балки. Эти как бы висячие мостики настолько непрочные, что колышутся, когда по ним идут люди. Жалко и страшно было смотреть, как тряслись лошади, вступая на такие мостики, висящие нередко футов на 700?800 над бурливою пучиной. Уже к вечеру, на закате солнца, едва волоча ноги от усталости, наконец, вышли из гор и остановились ночевать в местности Кокбель, где уже начинаются пашни на высоте 4000 футов..."
B сентябре 1877 года И. Мушкетов наконец возвратился в Ташкент. Несмотря на очень сложные по проходимости маршруты, был собран огромный материал по географии и геологии Алайского и Заалайского хребтов, Восточного Памира.
В 1880 году он приступил к осуществлению своей давнишней мечты ? наследованию ледников в верховьях реки Зеравшан. Снаряжение экспедиции было продумано, очень тщательно: легкие сани, шесты с железными наконечниками, веревочные лестницы, якоря для задержки на спусках, большое количество арканов и прочее.
Из Ура-Тюбе экспедиция выступила караваном в 40 лошадей. Путь пролегал мимо горных селений, необычная бедность которых поразила путешественников. Жилища были сложены из ничем не скрепленных валунов. На крошенных, покатых площадках, среди камней торчали тощие злаки. И. Мушкетова поразила выносливость местный жителей: один из них прошел 100 километров по горам за сутки с небольшим. Позднее Иван Васильевич познакомился с другими ходоками, считавшими, что этот герой слабоват на ноги, и что за этот же срок можно сделать до 150 километров.
Через две недели пути экспедиция наконец достигла цели. Вооружившись трехметровыми шестами, с багажом за плечами, трое исследователей, и пятеро носильщиков стали поднимет по леднику. Температура воздуха достигала почти тридцати градусов тепла. Задыхаясь от жары первый день, они прошли всего четыре километра. Мушкетов не мог надивиться прекрасным качествам носильщиков, особо но старшего из них- Ахуна: с разительным чутьем он выбирал путь между трещинами, почти не различимыми среди обломков льда. В знак благодарности Мушкетов присвоил из боковых притоков Зеравшанского ледника имя Ахуна.
Наконец, достигнув нужной точки, экспедиция начала спуск в ущелье Зардаля. Если подъем на ледник был труден, то спуск - ужасен. Ледник спускался тремя уступами в сорок, шестьдесят, и восемьдесят метров высоты. Некоторые из террас оканчивались ледопадами, под ними зияли огромные трещины, к тому же во время этого "головокружительного" перехода путников застала ночь. "Для ночевки выбрали площадку в несколько квадратных саженей. Чтобы сварить и согреться чаем, пришлось рубить сани, ручки от инструментов ? все деревянное, что только имелось в экспедиционном снаряжении. Спуск с ледника был закончен только на четвертый день...".
Результатом Зеравшанской экспедиции И. В. Мушкетова стала точная карта oгpомного труднодоступного района в верховьях р.Зеравшан. Навсегда был развеян миф о грандиозном вулкане Байтам,: об этой упоминали китайские летописи и до последнего времени в мире удерживалась вера в его существование. По мнению И. В.Мушкетова, не извержения, а каменноугольные пожары дали повод считать эту страну вулканической. Благодаря ему и его товарищам на смену легендарным представлениям пришли образцово выполненные карты ? топографические и геологические.
Цикл .среднеазиатских экспедиций И. В. Мушкетова был завершен. По его результатам Академия наук присудила исследователю премию, а Русское Географическое общество ? свою высшую награду?золотую Константунтиновскую медаль. Работы И. В. Мушкетова: "Туркестан. Геологическое и орографическое описание по данным, собранные в путешествиях с 1874 по 1881 " "Материалы к изучению землетрясений в России" - признаны классическими работами по геологии и сейсмологии Средней Азии и по сути дела заложили основу этих наук в крае.