С распадом СССР заметно ослаб контроль за государственными границами центральноазиатских государств с Афганистаном, чем не преминули воспользоваться радикальные исламистские группировки различного толка, прежде всего, ИГ, «Аль-Каида», «Исламское движение Узбекистана», "Джамаат Ансар Алла" и "Исламское движение Восточного Туркестана" (запрещены в РФ). Афганскими националистическими организациями «Северного альянса» не снимается с повестки дня и вопрос о воссоединении разделенных народов (таджиков, узбеков, туркменов, киргизов).

 Союзная афганскому запрещенному в РФ «Движению Талибан» экстремистская группировка «Исламское движение Узбекистана» (ИДУ) преследует целью отделение Ферганской долины от Узбекистана, Киргизстана и Таджикистана и образование на этой территории провинции нового Исламского халифата. При этом сохраняется и угроза странам Центральной Азии от действий набирающего силу в северных провинциях Афганистана ИГ.  Ряды этой террористической группировки растут не только за счет активной вербовки талибов-пуштунов, афганских таджиков, узбеков, киргизов и туркменов, но и граждан самих стран ЦА, число последних, по различным оценкам, уже достигает несколько тысяч человек.

Сотрудники Службы государственной безопасности (СГБ) Узбекистана неоднократно задерживали своих граждан, которые планировали выехать в Афганистан, Сирию, Ирак, Ливию, другие мусульманские страны для участия в боевых действиях на стороне террористов. Среди них, в частности, были и студенты Ферганского государственного университета. Под влиянием проповедей религиозных экстремистов в социальных сетях создаются псевдомусульманские аккаунты и пропагандируются идеи джихада.

Как отмечалось выше, в рядах афганского филиала ИГ имеются уже получившие опыт боевых действий в Сирии, Ливии и Ираке боевики-выходцы из стран ЦА. Противопоставить экстремистской и террористической деятельности джихадистов в регионе могло бы более тесное взаимодействие силовых структур стран Центральной Азии как между собой, так и с афганскими и пакистанскими властями. Есть определенные надежды и на совместные усилия в предотвращении террористической угрозы всех стран региона в рамках ШОС и ОДКБ. Многое также будет зависеть от способности руководства Афганистана и стран ЦА контролировать и дальше ситуацию в своих странах и на государственных границах.

Любое новое обострение внутриполитической обстановки в Афганистане и сопредельных странах неизбежно приведет к усилению террористической угрозы с этого направления не только для стран ЦА, но и для юго-восточных рубежей Российской Федерации. Москва также уделяет самое серьезное внимание координации усилий региональных организаций в борьбе с террористической угрозой с афганского направления.

Вряд ли лидеры ИГ всерьез могут рассчитывать на повторение своих успехов в Сирии и Ираке и создание в ближайшем будущем своего халифата в странах Центральной Азии. Они, скорее, ставят себе целью лишь инфильтрацию в местные мусульманские общины и встраивание в уже сложившуюся там сеть экстремизма, терроризма и организованной преступности (контрабанда наркотиков, оружия, боеприпасов). Высокую опасность для центральноазиатских республик сегодня представляют активация созданных ранее так называемых "спящих джамаатов" и формирование с помощью интернет-ресурсов сети автономно действующих ячеек и одиночек-террористов, поддавшихся пропаганде и индивидуальным вербовкам джихадистов.

В этой связи мировое сообщество и российское руководство заинтересованы в достижении консенсуса между умеренным крылом «Движения Талибан» и афганским правительством, чтобы снизить накал напряженности во внутриполитической обстановке и не допустить усиления в этой стране и регионе в целом позиций радикальных исламистов, прежде всего, «Исламского государства». Можно приветствовать заключенное в феврале 2020 года мирное соглашение в столице Катара Дохе между США и «Движением Талибан», но многое будет зависеть от следующего шага по интеграции талибов в афганское общество и руководство.

Следует учитывать, что в отличие от ИГ, талибы ведут борьбу за власть и влияние непосредственно в Афганистане и воздерживаются от экспансии в страны Центральной Азии и Россию. Руководства России, Таджикистана, Узбекистана, Туркменистана не отказываются от диалога с талибами и активно используют свои традиционные связи и контакты с лидерами так называемого «Северного альянса», чтобы обеспечить мир на своих границах и добиться внутри афганского примирения, формирования коалиционного правительства и единства всех патриотически настроенных афганских сил перед лицом новых общих угроз в лице джихадистов ИГ.