В связи с этим событием в адрес первого Исполнительного секретаря ШОС (впоследствии должность была преобразована в Генерального секретаря ШОС) поступили поздравительные телеграммы от глав государств-членов ШОС, а также послание Генерального секретаря ООН.
Сегодня Секретариат ШОС успешно выполняет возложенную на него важную и ответственную миссию по координации и информационно-аналитическому обеспечению деятельности Организации, проведению предварительной юридической и финансовой экспертизы договорных и нормативных документов ШОС. Секретариат также является депозитарием документов, принимаемых в рамках ШОС, осуществляет организационно-техническое обеспечение заседаний и совещаний органов ШОС, координирует взаимодействие ШОС с государствами-наблюдателями и партнерами по диалогу, международными организациями.
Секретариат возглавляется Генеральным секретарем, который утверждается Советом глав государств по представлению Совета министров иностранных дел государств-членов ШОС. Должность Генерального секретаря ШОС занимали: в 2004-2006 гг. - Чжан Дэгуан (Китайская Народная Республика); в 2007-2009 гг. - Б.К.Нургалиев (Республика Казахстан); в 2010-2012 гг. - М.С.Иманалиев (Кыргызская Республика); в 2013-2015 гг. - Д.Ф.Мезенцев (Российская Федерация); в 2016-2018 гг. - Р.К.Алимов (Республика Таджикистан) в 2019-2021 гг. - В.И.Норов (Республика Узбекистан); с 2022 года по настоящее время – Чжан Мин (Китайская Народная Республика).
Функционирует институт постоянных представителей государств-членов при Секретариате ШОС.
Личный состав Секретариата насчитывает 36 должностных лиц, направляемых государствами членами по страновым квотам. В структуру Секретариата входят 6 департаментов, занимающиеся политическими, экономическими, гуманитарными, информационно-аналитическими, административно-правовыми вопросами и международным